1/Je vais voir, mais nier les fichiers commencant par un . n'est pas une bonne chose parce que pour certains mods ont peut vouloir rajouter un .htaccess
2/En même temps t'es pas censé lire le fichier en brut

Jvais vérifier et voir si c'est facilement faisable
3/J'ai pas compris, si tu parles de requetes SQL, le générateur se contente de voir si ça correspond vaguement au format d'une requete, si oui il l'ecrit dans le fichier
4/Encore une fois t'es pas censé lire le fichier, mais jvais voir ça
5/Je note, mais je le mettrais surement en coché par défaut parce que c'est de loin plus viable de le nier