Par rapport au rewriting des url pointant directement sur un message, je dirais que c'est avant tout une question d'homogénéité et de cohérence de l'ensemble des liens du forum. Avoir un mélange de liens réécrits et de liens non réécrits donne quelque chose de pas cohérent.
Ensuite pour ne pas avoir les duplicate au référencement, il suffit de rajouter les url de type msujet au robots.txt.
Toutefois, interdire l'accès aux moteurs de recherche aux accès directs au messages est d'une certaine façon assez problématique. En effet, le robots.txt est relativement simple, et on ne peut pas par exemple dire aux moteurs de recherche de suivre les liens mais de ne pas indexer. Résultat, tous les liens que les utilisateurs mettront sur le net avec l'url pointant sur un message ne seront pas pris en compte. Mais c'est sûr qu'il vaut mieux ça que le duplicate.
Un moyen de concilier les deux ne serait-il pas de faire pointer ces liens vers une page qui ne montrerait que le message en question, et donnerait un lien pour revenir à la page contenant le message ? Bon bien sûr ça demande une modification du forum, mais ne pas générer de liens menant à des pages dupliquées reste quand même le mieux, non ?