Et pour le référencement, je pense qu'il doit rien y avoir, car je suis pas sur que les bots aient le JS d'activer

Les liens y sont, pas de souci.
Ah oui, j'avais pas vu, mais pour ma part, j'aurais peur que Google ne croivent que je fait du cloaking, car même sans JS, tout le contenu du site y est, mais n'est pas affiché

Il n'y a rien qui oblige à avoir tout le contenu préchargé. C'est de l'ajax. Le premier 'A', c'est pour asynchrone. C'est juste que les requète sont envoyé au serveur par JS et que la page HTML n'est pas entièrement rechargés. Tu ne changes pas d'adresse, le contenu est chargé en fonction de ce que fait l'utilisateur.
Le problème c'est plus de conserver une navigabilité correct, avec possibilité de revenir en arrière, que le fait que ce soit tout en JS. Il y a telement de site avec du Javascript partout, le désactiver c'est vraiment con. Toujours dire "oui mais faut aussi pouvoir faire sans" ça devient vraiment lassant. A toujours vouloir une alternative à tout, on en arrive à ne pas fournir de nouvelles fonctionnalités parce que l'alternative n'est pas vraiment possible ou trop couteuse à mettre en place.
Alors si le site est bien fait, ne gène pas la navigation, n'est pas lourd, n'as pas des temps de chargement trops long pendant la récuperation des données. Alors oui, un site 100% ajax me dérange pas du tout et oui F*** à ce qui désactive JS.
Ouais mais dans la limite du possible, vaut mieux, plutot que du dire Fuck aux autres. C'est de la part marketing perdue.. :-°
Le nombre d'internaute désactivant JS est infime... Alors la part marketing perdue

Déjà, rien que la part d'internaute sachant ce qu'est Javascript est très faible. Encore plus petite, celle qui sait qu'on peut le désactiver.