Bon c'est réglé, je vais donc passer par des fichiers PHP (phtml plus précisément, ce qui ne change rien, mais ça annonce la couleur : majoritairement du HTML avec un chouillat de PHP).
Les hooks seront placés à des endroits précis des templates afin de permettre aux plugins de les étendre. J'ai quasiment fini de développer le système et j'en suis satisfait, je pense que ça permet à peu prêt de faire tout ce qu'on veut.